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Las caseínas generalmente se clasifican en dos categorías, en función de su modo de extracción. Se distingue la caseína ácida, obtenida por precipitación ácida de la leche desnatada pasteurizada de la caseína cuajo, obtenida por precipitación enzimática.

   

Para la caseína ácida, la leche desnatada se acidifica a pH 4,6 bajo la acción de los ácidos (HCl o H2SO4) o de los fermentos lácticos. A este pH, se destruye el complejo micelar y las caseínas se agregan y precipitan en forma de un coágulo. A continuación este coágulo se centrifuga, se lava para eliminar el ácido y, por último, se seca y tritura, lo que da un polvo de caseína ácida.

   

Para la caseína cuajo, la leche desnatada se coagula por la acción del cuajo (extracto enzimático del estómago de la ternera o de origen microbiano). Éste actúa específicamente sobre la caseína κ cortando un enlace de la cadena proteica. Esto provoca la aparición de dos fragmentos, uno que precipita en presencia de calcio (la para-κ-caseína), el otro es soluble. Como la caseína κ es esencial para la estabilidad del complejo micelar (función de estabilizante coloidal), este último precipita también con la para-κ-caseína en forma de un cuajo: la caseína cuajo. Como para la caseína ácida, la caseína cuajo se purifica a continuación y después se lava con agua antes de secarse y triturarse.

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